کتاب «در کشاکش دین و دولت» با گزارشی فشرده از دوران سی ساله پس از رحلت پیغمبر اکرم در سال ۱۱ هجری تا صلح امام حسن(ع) و معاویه در سال ۴۱ هجری آغاز می‌شود و در پی آن، موحد چنان که خود گفته است می‌کوشد «با دقت در مضمون روایت‌های مورخان و تعمق در زیر و بم آن‌ها، تصویری بالنسبه معقول و قابل اعتماد آن دوران» (۱۳) به دست دهد.»

بر این پایه او دو نگاه را از دو منظر به این دوران سی‌ساله به مخاطب ارائه می‌دهد. یکی نگاهی که عمده تمرکزش بر مقوله شکل‌گیری و تاسیس حکومت اسلامی و مقوله خلافت است و دیگری نگاهی که بر نزاع‌های برآمده از شکل‌گیری این حکومت ناشی شده تمرکز دارد. به عنوان نمونه در بخش «نگاه اول» از فصل اول کتاب، محمدعلی موحد به مقولاتی مانند «تصویری از حکومت در صدر اسلام»، نسبت ساخت حکومت خلیفه‌ای با ساخت پادشاهی، ابعاد مقوله بیعت و… پرداخته است و در بخش «نگاه دوم» مقولاتی مانند «نزاع در میان قریشیان»، «نخستین ترور سیاسی در اسلام»، «چگونه مسلمانان بر خلیفه شوریدند؟»، «نزاع خانگی و ماجرای جنگ شتر» و… می‌پردازد.

دوران سی‌ساله‌ای که موحد در فصل اول کتاب بر آن تمرکز کرده، آبستن وقایع شگرفی بوده است که سرنوشت حکومت زیر پرچم اسلام را رقم زد. در آن سی سال، ماجراهایی سهمگین و خون‌آلود اتفاق افتاد.